厦门大学的研究生院设有的专业院系有：
中文系、历史系、哲学系、人类学与民族学系、新闻传播学院、经济系、统计系、财政系、金融系、国际经济与贸易系、经济研究所、宏观经济研究中心、中国能源经济研究中心、8王亚南经济研究院、会计系、企业管理系、工商中心、管理科学系、旅游与酒店管理系、财务学系、市场学系、法学院、知识产权研究院、海南研究院、政治学系、公共管理系、社会学系、人口研究所、马克思主义学院、公共政策研究院、英语语言文学系、欧洲语言文学系、外语教学部、日语语音文学系、法语语言文学系、音乐系、美术系、物理系、机电工程系、航空系、电子科学系、电磁声学研究院、数学科学学院、化学系、化学工程与生物工程系、材料科学与工程系、生命材料系、生命科学学院、海洋与地球学院、环境与生态学院、海洋与海岸带发展研究院、计算机科学系、电子工程系、自动化系、通信工程系、智能科学与技术系、软件学院、医学院、建筑系、土木工程系、城市规划系、南阳研究所、台湾研究所、教育研究院、药学系、海外教育学院、能源学院、财务管理与会计研究院、体育教学部、公共卫生学院、萨本栋微米纳米科学技术研究院。
以上信息来自厦门大学2015年硕士研究生招生专业目录
详情可参考：厦门大学招生办公室官网
厦门大学研究生院简介：
厦门大学研究生院成立于1986年9月，经过十年试办，1996年3月由原国家教委批准正式建院。研究生院是校长领导下具有相对独立职能的研究生教育管理机构，据有关资料显示，该研究生院院长为孙世刚副校长（兼）任。 厦门大学的研究生教育始于1926年。中国解放后，为适应中国社会主义建设和高等教育事业发展的需要，于1950年重新开始招收研究生，并于1952年成立研究部。从1950年至1965年全校有22个专业招收研究生110名，为国家培养出一批杰出人才。十年“文革”，研究生教育受阻。