可以肯定地答复你，普通地级市的市直部门三定方案明确的行政规格无一例外都是正处级。有些部门因为主要领导由上级四家班子领导兼任，出现低职高配的情况，不代表单位就是副厅级规格。这些部门主要有几大类：
1、常委部门。包括纪委、组织部、宣传部、统战部、政法委、委办六个部门。这些部门的主要领导都由市委常委兼任，级别是实打实的副厅。主要领导之外，一般会设置一名常务副职（纪委除外），高配正处，其他副职一般都是副处，少数正处，由此判断这些单位实际上是正处规格。如果是副厅规格，那么其副职应该是清一色的正处。
2、部分政法机关。比如公安局，局长一般由副市长兼任，高配副厅；检察院和法院的两长则是法定的副厅。然而其单位规格仍然是正处，包括两院也不例外，尽管其不是垂管单位。
3、部分群团机关和民主党派机关。比如总工会，主席一般由市人大常委会副主任兼任，级别为副厅；部分民主党派机关的负责人同时担任市四家班子副职领导，也是副厅。
4、少数国家级高新开发区。类似的机构有部分明确了副厅级，绝大部分仍按正处级机构设置，但主要领导比如工委书记、管委会第一主任等仍由市领导兼任，高配副厅级。
市直机关明确副厅级的，一般都在副省级城市。按照副省级城市架构，副省级城市四家班子主要领导都是副部级，副职是正厅级，以此类推，市委市政府下属的工作部门则是副厅级，与城区规格一致，但副省级城市的县仍按正处级设置，比城区低半格。但是副省级城市有其自成体系的一套岗位设置办法。
比如市直部门，其实际行政规格是副厅级，但在副省级城市内部一般成为正局级；副职对应正处级，其内部成为副局级；内设机构都是正处级机构与其他地方没有区别。这是副省级市直部门与普通地市级市直机关的最大不同之处。