一、实现药品管理的量化与流程整合
医院、药店的药房对于药品管理主要经过四个环节：入库、药品验收、药品摆放、药品发放，这些环节在日常操作上经常是时费力又无法确定各环节相关人员的责任，而且随着药品品种及采购批次种类越来越复杂，很容易出现对于药品管理上的混乱。
故而只有通过对于药房管理系统的提升，强化对于整个药品在药店内部的流通环节的追踪和管控，合理化整合流程，对药品实行有效的质量管理，才能理顺整个药房药品管理，保证责任到人，也可以对于出现的问题及时发现及时解决。
二、加强药房库存管理，保证帐物相符
药品药材的盘点过程是诊所药店药品物流管理的核心业务，通过每月月末的盘点，系统通过上月末库存盘点结存情况，结合本月所有药品出入库流水记录，计算出本月末理论应盘结果，药剂科通过核算货位库存情况，与系统理论结果进行核算，若出现实物数量与账面数量不符的情况，则需完成盈亏计算，并由库存维护人员对账目进行修正，将盈亏表及分析报告呈送药剂科和财务科审核。
业务的需求造成盘点工作的劳动强度很大，并且容易产生差错率，通过信息化的盘点软件可以使得盘点周期缩短，操作难度减小，工作效率提升，从而保证账目及时调整，保证帐物相符，保障药品的发放。
三、运用更多新技术，提高服务质量
药店实行信息管理系统后，为门诊药房的窗口调剂带来突变性的进步。信息化通过更加紧密的整个门诊业务流程，縮短病人计价、交费、取药的时间，使调剂人员有更多精力和时间提高加强药品发放核对，改变以药品供应为中心的工作模式，提高窗口服务质量；自动摆药机等设备的引入，同样对提升门诊配发效率，提升用户使用体验起到重要的作用。
四、提供有效信息支持，提高合理用药水平
借助于药品信息系统强大存储和计算功能，即时对药品使用情况进行即时统计和分析，便于药店在控制收入药品比例及时得到准确的信息，及时做出决策。同时药品相关数据也可以为开展临床合理用药检测提供数据支持，确保病人用药的有效、安全和经济；
处方点评以及异议处方反馈流程使得门诊药房药学人员和门诊医生之间的互动成为可能，通过系统内部信息的相互交流，药房和临床科室之间在药品供求信息、不良反应信息和药物使用评价等方面就提供更多协调和交流，增加病人用药依从性，提高药店用药水平。