存在的问题
(一)地方财政配套资金困难，拖期现象严重。按照现行规定，种植业财政补贴中央40%、省25%、县级15%;养殖业财政补贴中央50%、省10%、县20%。虽然地方财政补贴每年都能到位，但时间比较延后，拖期现象严重。如梨树县，财政补贴要求在6月份到位，但该县基本都在11~12月份到位，拖期将近半年之久，辖区其他县(市)也不同程度存在此类问题。原因是农业大县基本都是财政穷县，地方政府配套资金靠拆东墙补西墙完成。如梨树县2009年当年地方财政收入25700万元，农业保险财政配套资金600万元，占地方财政收入的2.3%，给县级财政形成了巨大压力。另外省级财政配套资金也极其困难。据调查，吉林省种植业保险财政补贴最大额度为二轮土地承保面积的70%，超过部分没有资金补贴，2011年已经出现退还农民自交保费的情况。
(二)农民参保积极性不高，保险面不稳定。由于农民集生产者、投资者和经营者等职能于一身，几乎是农业风险的唯一承担者，20%的保费目前对收入不高，余款不多的农民来说也是一个不轻的负担。另外有的农民对保险缺乏正确的了解和认识，在被保险公司合理拒赔或没有达到自己认为应赔的数量后就对保险产生了不信任感。有的农民抱有严重的侥幸心里，认为不一定受灾，买保险是加重自身的经济负担，使保险面上下波动较大。如：四平辖区2007~2010年农作物保险分别为290.44万亩、582.99万亩、465.2万亩和686.1万亩，四年的波动幅度分别是增加292.55万亩，下降117.79万亩，增加220.9万亩。
(三)查勘定损到户难度大，农户定损容易出现偏差。农业保险面对千家万户，土地零散经营，加上专业人员少和工作强度大，保险公司对于绝收的做到了查勘定损到户，对于大面积的灾害损失采取的是抽查查勘到村，不能普及到户，导致一部分农户定损出现偏差。
(四)农业保险保障标准低，涵盖不了生产成本。从调查了解到，2007年制定的保险条款规定的保险金额已经涵盖不了农民的生产成本。以种植业的玉米为例，按照规定，予以保险的生产物化成本包括种子、化肥、农药、灌溉、机耕和地膜等生产成本，保险金额为3000元/公顷。随着市场经济的发展，种植成本提高。据农民测算，每公顷玉米的生产成本为：底肥16袋，每袋150元，上肥2袋，每袋200元，计2800元;种子6000粒的10袋，每袋80元，计 800元;农药160元;机耕800元。总计4560元，与保险标的3000元相差1560元。
(五)巨灾风险保障机制刚刚建立，无法承担巨大风险责任。吉林省对巨灾实行有条件的“封顶赔付”，即以全省为单位统算，出现赔款超过保费总额度的巨灾时，实行100%“封顶赔付”。如果局部出现巨灾，全省统算没有超赔，受灾区域属于哪个农业保险经办机构，就由哪个农业保险经办机构承担责任，包括超赔责任。当全省统算没有出现超赔时，按实际损失赔付。但这种机制虽然避免了超赔现象，但同时也破坏了政府和保险公司的信用，使农民对农业保险失去信心。
(六)农业保险缺乏有效的法律保护，业务推广受限。目前我国还没有农业保险的专门法律和行政法规，农业保险是在各级领导小组的规定下进行的，缺少法律依据。另外农业保险一旦放开市场，多家保险公司无须竞争，会造成一些负面问题。
对策
(一)加大财税政策支持力度。一是建立和完善政策性农业保险财政补贴管理办法，中央提高对农业大省的财政补贴比例，尽量取消基层县市的财政补贴分担部分，加强财政补贴资金管理，确保资金足额、及时到位。二是对政策性农业保险经营主体减免所得税，允许税前从经营盈余中扣除一定比例的资金作为保险准备金，以增强其经营实力。三是建立巨灾风险基金。本着风险共担的原则，建立三级风险共担机制。保险公司保费收入除了用于当年赔款及相关费用，节余部分按一定比例提取作为风险基金，省级建立超赔风险基金，国家建立巨灾风险基金。
(二)帮助农民减轻保险负担。一是政府部门帮助农民提高农业的专业化和规模化水平。二是在当前绝大多数农民还处于小规模经营的情况下，政府对农民提高保费补贴。要做到一方面补贴数额达到农民对农业保险有足够的购买力水平。另一方面补贴在使得农民买得起的前提下，还要让农民感觉到购买农业保险划得来，即在政府补贴后，农业生产的预期收益比其他非农收益足够高。三是通过整合国家支农资金，从粮食直补、农机补贴、良种补贴等国家对农民的各项补贴和民政救灾资金中整合一部分作为农民自筹保费，解决农民自筹保费收缴难的问题。
(三)加快农业保险立法。用法律的形式明确农业保险的地位、作用和性质，政府在农业保险开展过程中应发挥职能和作用，保证农业保险体系的顺利建立和业务的协调运作，并以此提高农民的保险意识，使农民的利益得到切实的保障。
(四)及时查勘，准确认定农业灾害损失。出现灾情，保险公司应及时查勘，安抚出险农户，做到出险及时，查勘认真，记录准确。另外鉴于农业保险涉及领域多、专业性强等特点，政府领导小组从农业、民政、气象等部门聘请专业人员组成相关险种定损协调小组，主要负责调解农户与保险公司有关定损方面的争议，并提出理赔建议，提高灾害定损的准确性与时效性。